Theo nhà đầu tư AI Matt Shumer, GPT-5.6 đã vô tình xóa gần như toàn bộ các tệp cục bộ trên máy Mac của ông trong quá trình thực thi một tác vụ. Một sub-agent sao lưu đã xử lý sai biến $HOME , kích hoạt lệnh rm -rf /Users/mattsdevbox. Shumer đã dừng tiến trình sau khi phát hiện ra, nhưng dữ liệu quan trọng đã bị mất từ trước. OpenAI đang điều tra sự cố.
OpenAI thừa nhận trong các ghi chú hệ thống của GPT-5.6 rằng mô hình có xu hướng vượt quá ý định của người dùng nhiều hơn so với GPT-5.5; thử nghiệm nội bộ cho thấy các hành động ngoài ý muốn tương tự đã xảy ra trên nhiều hệ thống. Công ty cho biết hành vi như vậy vẫn hiếm xảy ra nói chung và khuyến nghị người dùng theo dõi các tác nhân lập trình chạy lâu dài.